Strona
Główna

Badania
Molekularne

Analiza
Statystyczna

Analiza
Informatyczna

Linki
Kontakt

Forum
Dyskusyjne



Programy komputerowe stosowane w pracowni molekularnej.


          Burzliwy rozwój genetyki molekularnej, tak jak i całej molekularnej biologii spowodował zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi typowych dla matematyki wyższej oraz informatyki. Metody te znalazły szerokie zastosowanie w nowoczesnej analitycznej i obliczeniowej części biologii molekularnej. W nowoczesnych badaniach genetycznych, komputerowa analiza danych uzyskanych z pracy eksperymentalnych to blisko połowa z czasu spędzonego w laboratorium. Zasoby sieci internetowej oferują nam wiele darmowych niewielkich programów mogących być wystarczająco doskonałym narzędziem do pracy w małych laboratoriach do obróbki wyników oraz służyć celom dydaktycznym przed zastosowaniem komercyjnego oprogramowania. Przedstawiony tu niewielki wycinek dostępnego oprogramowania składa się z narzędzi najłatwiej dostępnych i często "intuicyjnych" w obsłudze. Prezentacja poniższych propozycji nie wyczerpuje oczywicie wszystkich możliwości, ale daje dobre wprowadzenie do tego zagadnienia.

          Zaczniemy od programów służących do analizy i graficznego przedstawiania sekwencji nukleotydowych DNA i RNA. Większośc z nich umożliwia analize danych zapisanych w plikach dostępnych w odpowiednich internetowych bazach danych.

          Swiss-PdbViewer Służy do oglądania trójwymiarowej struktury białek i innych obrazów molekularnych zapisanych w formacie .pdb. Program ten pozwala na obracanie cząsteczki we wszystkich płaszczyznach i w dowolny sposób. Dodatkowo istnieje także możliwość kolorowania różnych części cząsteczki np. aminokwasów hydrofobowych czy odcinków heliakalnych. Nie wyczerpuje to jeszcze wszystkich możliwości tego programu. Atutem jest stosunkowo prosta obsługa.


http://au.expasy.org/spdbv/

          RasMol Tak jak poprzedni pozwala na prace z plikami przedstawiającymi molekuły w formacie .pdb takie jak białka czy kwasy nukleinowe. Jest on uboższy od powyższych w funkcje jednak doskonale nadaje się na początek oraz dla mniej wymagających zastosowań. Opis funkcji dostepnych przy pomocy tego programu autorstwa Pani Anny Ledwig znajduje się na stronie internetowej czasopisma "Chemia w szkole" http://www.wsip.com.pl/serwisy/czaschem/artykuly/art02.html.


http://www.umass.edu/microbio/rasmol/

          ProteinScope Program przypominający dwa poprzednie. Analizowane struktury molekularne mogą być dowolnie modyfikowane w źródle, czyli mamy tu dobrą edycje pliku .pdb.


http://www.proteinscope.com/

          Przykładowe pliki .pdb znaleźć można w bazie danych PDB (Protein Data Bank).


http://www.rcsb.org/pdb/

          Clustal Program ten służy do porównywania sekwencji genetycznych i tworzenia drzew filogenetycznych. Program ten przeprowadza porównanie globalne, czyli porównuje ze sobą całe sekwencje, i wstawia przerwy pomiędzy blokami homologii. Program porównuje po dwie lub więcej całych sekwencje. Wprowadzane dane trzeba wprowadzać w formacie FASTA pamiętając by nagłówek, czyli to, co jest w pierwszej linii po znaku ">", nie był dłuższy niż 10 znaków. Program tworzy też drzewa filogenetyczne jednak do ich przeglądania potrzebny będzie jednak inny program, jakim jest na przykład TreeView.


http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

           Przykładowe pliki FASTA znaleźć można w bazie danych; BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

          Animowany filmik który ma za zadanie opis zasady, na jakiej BLAST wyszukuje podobne sekwencje znajdziecie tutaj - http://www.learner.org/channel/courses/biology/archive/animations.html

          Sequin Program ten współpracuje z sekwencyjnymi bazami danych takimi jak GenBank, EMBL i DDBJ. Dzięki niemu możliwe jest realizowanie bardzo złożonych zapytań i wygodne przedstawianie uzyskanych wyników.


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

          Wspomniane bazy danych to;


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi


http://www.ebi.ac.uk/embl/


http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Więcej baz danych do przezukiwania

          Więcej informacji na temat baz danych i systemów wyszukiwania informacji znajdziecie na stronie Bioinformatyka
          Instrukcja obsługi bazy Sequence Retrival System w języku polskim na tej samej stronie Sequence Retrival System

           Primer Premier 5 Program ten przeznaczony jest do projektowania primerów. Posiada wiele wygodnych narzędzi słurzących obróbce i analizie sekwencji nukleotydowych. Dodatkowa umożliwia tworzenie map restrykcyjnych.


http://www.premierbiosoft.com/index.html

           Primer-Master Poszukiwanie i wybór optymalnych primerów dla różnych wariantów PCR, możliwy jest także dzięki temu programowi. Jego zaletą jest bardzo wygodny edytor słurzący wprowadzaniu sekwencji nukleotydowych.


http://iubio.bio.indiana.edu:7780/archive/00000091/

          Chromas Program ten to narzędzie do edycji wyników uzyskanego sekwencjonowania. Obsługuje pliki w formatach ABI lub SCF chromatogramów. Narzędzie to jest przydatne, gdy chcemy na przykład uzyskać maksymalna ilość informacji z wyników, sekwencjonowania lub sprawdzić interpretacje komputerową.


http://www.technelysium.com.au/chromas.html

          ImageJ freeware'owy program do obróbki skanowanych żeli, do robienia densytogramów, liczenia mas cząsteczkowych itd.


http://rsbweb.nih.gov/ij/

          pDraw32 Ten program pomocny może być w tworzeniu map restrykcyjnych, jest to równoczenie proste narzędzie do szukania homologii, dodatkowym modułem jest wbudowany Oligocalculator.


http://www.geocities.com/acaclone/

          ISISDraw Jest to znakomity program do tworzenia, czyli rysowania profesjonalnych wzorów chemicznych możliwoć eksportu do plików graficznych. Program ten przyda się każdemu od chemii ogólnej i nieorganicznej przez organiczną, biochemie do biologii molekularnej. Możliwoci tego programu nie ograniczają się jedynie do rysowania struktury cząsteczki. Umożliwia on również obliczenie masy cząsteczkowej narysowanego produktu. Zwraca uwagę też na potencjalne możliwoci błędów w tworzonej strukturze. Efektem jest zawsze profesjonalny i estetycznie wyglądający wzór, który możemy umiecić w bądź to w pliku tekstowym bądź graficznym. Jest łatwy w obsłudze bez koniecznoci uczenia się jego obsługi można w kilka minut zorientować się w jego działaniu.


http://www.mdli.com/downloads/

          Jeśli jednak pojawią się problemy przy obsłudze programu ISISDraw to polecam kurs obsługi tego programu. Możliwe jest również pobranie na własny dysk tego kursu w formacie .pdf, a wszystko to na stronie - http://www.republika.pl/nkuznik/kurs_isisdraw.html.

          ChemSketch 5.0 Freeware. Kolejny program do edycji wzorów chemicznych. Więcej o programie w dwóch opracowaniach Pani Anny Ledwig ACD Labs ChemSketch - program do tworzenia dwu i trójwymiarowych struktur związków chemicznych oraz Jak korzystać z programu ChemSketch?.


http://www.acdlabs.com/download/

          Prócz tego mamy jeszcze wiele podobnych programów oraz narzędzi na stronach internetowych działających on-line na przykład do projektowania primerów. Strona z bogatym wyborem oprogramowania to na przykład.


http://www.tigr.org/software/

lub inna,
http://www.geocities.com/bioinformaticsweb/downloads.html

          Programy komputerowe stosowane są również do statystycznej analizy danych uzyskiwanych z dowiadczeń. Najczęciej usłyszeć można w mediach o pakiecie Statistica, który to najsilniej szturmuje polski rynek oprogramowania tego typu. Ma on niewątpliwie jedną bardzo silną i ważną zaletę. Jest po polsku. Inny bardzo profesjonalny i uznany to pakiet SAS, Statistical Analysis System, czyli, system analizy statystycznej. Pakiet SAS to nie tylko statystyka. Jest on obecnie nowoczesnym systemem przetwarzania informacji. W przeszłoci służył głównie do analizy danych statystycznych. Aktualnie jego budowa to zespół wielu modułów. Nas jednak interesują jego moduły statystyczne, które dzięki wersji okienkowej mogą również być przyjazne użytkownikowi.




skaner antywirusowy firmy MKS Panda ActiveScan - On-line Virus Check skaner antywirusowy firmy Symantec